Ähnlich wie die Haut eine äussere Barriere darstellt, ist die Schleimhaut des Magen-Darm-Traktes eine innere Barriere. Sie besitzt ebenfalls effektive Abwehrmechanismen. Bereits die Mundschleimhaut kann ein Allergen mit Kribbeln, Schwellung und Juckreiz quittieren. Magenbeschwerden, Völlegefühl, Blähungen, Erbrechen und Durchfall können die Antwort des restlichen Verdauungstraktes sein. Schlimmstenfalls entzündet sich die Schleimhaut sogar.