Eine Resistenz kann wie folgt eintreten: Wird das Antibiotikum z.B. bereits nach vier Tagen abgesetzt, obwohl eine einwöchige Therapie vorgesehen war, wurden möglicherweise noch nicht alle Bakterien eliminiert. Die noch vorhandenen Bakterien haben nun Zeit, Strategien zu entwickeln, denen das Antibiotikum nicht entgegenwirken kann. Mitunter produzieren sie Stoffe, die direkt das Antibiotikum angreifen, bevor es selbst die Bakterien zerstören kann. Oder die Bakterien bilden einen Panzer, der sie vor Angriffen schützt. Die Bakterien vermehren sich erneut ungehindert. Der Patient hat somit eine Resistenz entwickelt, erleidet einen Rückfall, und das verordnete Antibiotikum ist keine Hilfe mehr. Der Arzt muss auf ein anderes Antibiotikum umstellen.
 
Das Problem mit resistenten Bakterien betrifft zudem nicht nur den einzelnen Patienten, in dessen Körper sie sich entwickeln konnten. Widerstandsfähige Bakterien verbreiten sich rasch über die Umwelt und können auch andere Menschen befallen. Bisher wirksame Antibiotika können daher bei einer Vielzahl von Menschen unwirksam werden.