Una resistenza può instaurarsi come segue: se per esempio si interrompe l'assunzione dell'antibiotico già dopo quattro giorni, quando era prevista una terapia della durata di una settimana, è possibile che non siano ancora stati eliminati tutti i batteri. I batteri ancora presenti avranno ora modo di sviluppare strategie che non potranno essere combattute dall'antibiotico. A volte producono sostanze che aggrediscono direttamente l'antibiotico prima che riesca a distruggere i batteri. O i batteri formano una corazza che li protegge dalle aggressioni. I batteri si moltiplicheranno di nuovo indisturbati. Il paziente avrà ora sviluppato una resistenza, avrà una ricaduta e l'antibiotico prescritto non avrà più effetto. Il medico dovrà prescrivere un altro antibiotico.
 
Il problema dei batteri resistenti, oltretutto, non riguardano solo il singolo paziente nell'organismo del quale si sono sviluppati. I batteri resistenti si propagano rapidamente nell'ambiente e possono aggredire anche altre persone. Antibiotici che fino ad ora erano efficaci possono non essere più efficaci per molte persone.