Pour venir à bout d'intrus indésirables et éventuellement dangereux, tels que les virus et les bactéries, l'organisme a différentes stratégies de défense. L'une d'entre elles est de capturer les intrus (=antigènes) avec des anticorps, puis de les mettre hors d'état de nuire. Les anticorps sont des protéines présentes dans le sang que l'organisme fait concorder exactement à l'antigène en question. Lors d'une réaction allergique, on appelle aussi l'antigène, allergène. Lors du premier contact, il ne se passe encore rien, excepté la formation d'anticorps. Les attaquants et les défenseurs (le système immunitaire) doivent en quelque sorte faire tout d'abord connaissance.

Cependant lors du deuxième contact, une violente vague de défense arrive. Les anticorps ne circulent pas seulement dans le sang, ils migrent aussi dans les tissus. Dans le système lymphatique, la muqueuse du nez et de la bouche, les voies respiratoires et l'intestin, ils rencontrent une autre sorte de cellules de défense, les mastocytes. Ceux-ci contiennent de nombreux granules où sont stockés des messagers comme l'histamine. A leur surface, ils portent des sites de liaison pour les anticorps (récepteurs). Jusqu'à 100'000 anticorps trouvent place sur un seul mastocyte. Un anticorps a l'aspect d'un Y. Il possède une jambe et deux bras. La jambe se lie à un mastocyte, les bras capturent les intrus (=antigènes) et les maintiennent. Si deux anticorps ont capturé un même intrus qui forme ainsi un pont suspendu entre les deux anticorps (voir schéma), le mastocyte libère les messagers stockés dans les granules.

Ces messagers sont très agressifs. Si, une fois sortis des mastocytes, ils parviennent dans les tissus environnants, ils y causent de petites inflammations. En outre, les vaisseaux sanguins se dilatent. Selon l'endroit exact où ce processus se déroule, des symptômes différents surviennent: démangeaisons, éternuements, écoulement nasal, brûlures oculaires et larmoiements, réactions cutanées etc.. Une réaction allergique peut devenir particulièrement dangereuse lorsque les bronches ou la circulation réagissent violemment. Le rétrécissement des bronches entraîne des difficultés respiratoires survenant par crises, typiques de l'asthme.
 
La circulation peut s'effondrer en peu de temps lors d'une réaction allergique. On parle alors d'un choc allergique, mettant la vie en danger. En résumé: les symptômes varient en fonction de l'intensité de la réponse du système immunitaire à l'allergène; parfois seulement pénibles, ils peuvent à l'autre extrême mettre la vie en danger.